История храма в советский период
Революционный переворот 1917 года резко изменил судьбы храма, причта и прихода. После издания декрета "Об отделении церкви от государства и школы от церкви" по распоряжению Народного комиссариата просвещения в 1918 году все имущество церкви описали как народное достояние. Все храмы при учебных заведениях, богадельнях и лечебных учреждениях подлежали закрытию. Распоряжение позволяло церкви стать приходской, если не будет претензий на здание новых владельцев учреждения, соответствующего местоположения храма и подачи прошения от местных прихожан. Храм стал приходским с нанимаемым приходом священником.
На основании декрета "О помощи голодающим Поволжья" и прилагаемой к нему инструкции начала 1922 года "Об изъятии церковных ценностей" с 21 марта по 5 апреля этого года все имущество храма описали и изъяли общим весом 1 пуд 24 фунта и 55,5 золотника серебряных и вызолоченных изделий, т.е. все богослужебные предметы. Сопоставление со сдаточной инвентарной описью А.М. Макеева 1897 года позволяет утверждать, что были взяты все серебряные и вызолоченные предметы, включая оба Евангелия в серебряных окладах, плащаницу, вышитую серебром, и серебряные лампады перед храмовыми образами.
В 1925 году была попытка сменить священника отца Петра, который пытался отстаивать традиционное управление храмом, и приходской совет на угодных временно властям обновленцев. Староста (тогда председатель приходского совета) покинул собрание.
Храм закрыли в 1931 году — приходской общине отказали в регистрации. Возведенный через переулок от храма клуб завода "Каучук" повлиял на такое решение властей.
В постановлении "О религиозных объединениях" утверждалось, что действующий храм не мог располагаться рядом с культурно-просветительскими общественными учреждениями. Здание церкви использовали под культпросветчитальню, позже в нем разместили аптеку, музей Первого Московского медицинского института имени И.М. Сеченова, к которому отошел Клинический городок. Для придания зданию храма светского вида в 1930-е годы снесли шатровые главы, колокольню, крыльца. К 1961 году пробили однообразные световые проемы и уничтожили всю внешнюю архитектурно-декоративную отделку, а стены сплошь оштукатурили, что изменило его внешний вид до неузнаваемости. Даже историки архитектуры не догадывались об истинной архитектуре здания церкви. Внутри возвели междуэтажные перекрытия и перегородки.
В 1974 году здание обследовали и рекомендовали включить в список памятников архитектуры города. Но в конце 1977 года приступили к сносу храма. Успели разобрать апсиду и северную часть церкви — придел святой великомученицы Екатерины. Уже в начале сноса стали выявляться следы первоначальной архитектуры здания, но по настоянию общественности разборку прекратили. В таком изуродованном виде церковь простояла до 1990-х годов.